Nhìn chung, hai khoa học Văn hóa học và Đông phương học có những điểm chung và riêng nhất định. Dù vậy, hai khoa học độc lập này có thể tìm thấy lẫn nhau những giá trị nghiên cứu nhất định để bổ trợ cho ngành khoa học của mình.

Về điểm chung

- Hai khoa học đều thuộc lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn, đều quan tâm nghiên cứu đến văn hóa, văn minh. Như đã nói trên, Văn hóa học hiển nhiên coi văn hóa là đối tương nghiên cứu, còn Đông phương học coi văn hóa là một trong những đối tượng nghiên cứu chính. Cụ thể hơn, Văn hóa học coi văn hóa là đối tương nghiên cứu xuyên suốt, là mục tiêu cuối cùng. Tương tự như vậy, Đông phương học cũng nghiên cứu văn hóa, song lại đặt văn hóa trong mối quan hệ ngang hang với các lĩnh vực khác như lịch sử, địa lý, kinh tế, chính trị v.v.. để đạt mục tiêu nghiên cứu đặc thù của khu vực phương Đông. Do vậy, nhìn trên tổng thể, hai khoa học này có một chỗ giao nhau rõ nét nhất - văn hóa. Song điểm giao nhau này lại nằm trong hai trục tọa độ hoàn toàn khác nhau.

- Văn hóa học và Đông phương học còn có điểm tương đồng khác là phương pháp nghiên cứu - phương pháp nghiên cứu liên ngành. Cả hai khoa học đều coi trọng việc kết hợp lý thuyết và thực nghiệm, lịch đại và đồng đại, kết hợp định lượng và định tính, tổng hợp kết quả nghiên cứu của nhiều ngành khoa học khác. Dù vậy, hai khoa học lại có hướng tiếp cận hoàn toàn khác nhau [xem phần sau].

Tuy vậy, hai ngành khoa học này có nhiều điểm khác biệt trên nhiều phương diện

- Ở phạm vi nghiên cứu và hướng tiếp cận, ngành Đông phương học mang tính đa lĩnh vực, còn ngành Văn hóa học mang tính chuyên ngành. Cụ thể, ngành Đông phương học (khu vực học) nghiên cứu những đặc thù của khu vực phương Đông theo không gian mà không hạn chế theo lĩnh vực. Nhà nghiên cứu Đông phương học phải quan tâm đến nhiều khía cạnh khác nhau từ lĩnh vực tự nhiên như địa lý, tài nguyên, môi trường v.v. đến các vấn đề xã hội như chính trị, kinh tế, tôn giáo, khoa học - kỹ thuật v.v. trong mối quan hệ giữa chúng. Chính vì khoa học này có phạm vi nghiên cứu bao trùm nhiều lĩnh vực, đồng thời coi trọng mối quan hệ nội tại của các lĩnh vực nên không thể tập trung nghiên cứu sâu hay bỏ qua bất kỳ một lĩnh vực cụ thể nào. Trong khi đó, ngành Văn hóa học có đối tượng nghiên cứu không giới hạn theo không gian mà giới hạn theo lĩnh vực, thiên về nghiên cứu theo chiều sâu, truy tìm cội rễ của từng vấn đề đồng thời lý giải các hiện tượng có liên quan để tìm hiểu tư duy, đặc trưng văn hóa của các nền văn hóa (dân tộc) chủ thể. Văn hóa học có thể xem xét đến các vấn đề lịch sử, địa lý, chính trị v.v. nhưng dưới góc nhìn văn hóa, vẫn coi văn hóa là hạt nhân trong nghiên cứu. Không giống như ngành Đông phương học bị giới hạn theo khu vực (đất nước), ngành văn hóa học có không gian nghiên cứu mở rộng toàn thế giới. Nói cách khác, nhà văn hóa học có trách nhiệm quan tâm đến cả văn hoá của dân tộc lẫn văn hóa thế giới [Trần Ngọc Thêm: ???].

Lấy ví dụ, ngành Đông phương học coi “phong thủy” như một hiện tượng thuộc lĩnh vực văn hóa tinh thần của một số dân tộc Á Đông, nếu có đi sâu nghiên cứu về “phong thủy” thì cũng chỉ dừng lại ở các khía cạnh tìm hiểu nguồn gốc xuất hiện thuật phong thủy, nguyên lý như thế nào, ứng dụng ra sao v.v.., tức chỉ đặt hiện tượng phong thủy trong mối quan hệ với các yếu tố văn hóa nhận thức khác. Trong khi đó, ngành Văn hóa học có nhiệm vụ tìm hiểu và lý giải nhiều khía cạnh sâu và xa hơn chẳng hạn nguyên nhân và hoàn cảnh xuất hiện thuật phong thủy, đặc trưng văn hóa của các dân tộc phổ biến thuật phong thủy. Các đặc trưng rút ra được trong quá trình nghiên cứu sâu khía cạnh này có thể làm nền tảng để tham khảo, nghiên cứu và lý giải một số khía cạnh khác có liên quan. Ví dụ, qua nghiên cứu đặc trưng văn hóa ứng xử với môi trường tự nhiên của một số quốc gia (dân tộc) phương Đông, nhà văn hóa học có thể sử dụng để so sánh, phân tích với các lĩnh vực khác có liên quan trực tiếp và gián tiếp đến văn hóa ứng xử với môi trường tự nhiên như kiến trúc, tín ngưỡng, tôn giáo v.v…

- Theo trực thời gian, Đông phương học thiên về nghiên cứu các vấn đề đương đại, trong khi đó Văn hóa học thiên về nghiên cứu các vấn đề mang tính lịch sử. Ngành Đông phương học với tư cách là một ngành khu vực học do nhu cầu tìm hiểu nhiều lĩnh vực của cả tự nhiên và đời sống xã hội để phục vụ thực tiễn nên không thể không coi trọng các thành tựu xã hội đương đại của dân tộc (nền văn hóa) chủ thể. Ví dụ, ngành Đông phương học khi nghiên cứu về kinh thế của một quốc gia chủ thể phương Đông nào đó phải tính đến thành tựu kinh tế, nguyên nhân thành công và xu hướng phát triển trong tương lai của nền kinh tế đó. Dù ngành Đông phương học có nghiên cứu đến văn hóa, văn minh, lịch sử của quốc gia (khu vực) chủ thể, song các nghiên cứu này đều phải gắn với các lĩnh vực còn lại như kinh tế, chính trị, xã hội nên không thể không đặt trọng tâm ở nghiên cứu đương đại.. Trong khi đó, Văn hóa học có đối tương nghiên cứu là văn hóa vốn mang tính lịch sử. Văn hóa học coi trọng nghiên cứu tổng thể, dù có quan sát xã hội đương đại nhưng đặt nghiên cứu trong cả quá trình lịch sử, coi hiện thực đương đại là hệ quả của quá trình phát triển của lịch sử. Dù vậy, sự khác biệt này chỉ mang tính tương đối.

- Đối với văn hóa học, nghiên cứu văn hóa - sản phẩm của con người chủ thể - là mục tiêu cuối cùng. Trong khi đó, mục tiêu của ngành Đông phương học là nghiên cứu cả một tổng thể các vấn đề văn hóa, văn học, triết học, lịch sử, địa lý, kinh tế, v.v. đặt trong mối quan hệ nội tại giữa chúng. Các kết quả nghiên cứu của Đông phương học có thể là tư liệu nghiên cứu của Văn hóa học. Ngược lại Đông phương học cũng tìm thấy ở Văn hóa học những yếu tố cần thiết cho quá trình nghiên cứu tổng thể các vấn đề liên quan đến khu vực chủ thể của mình.

- Về thuật ngữ khoa học, Văn hóa học do mang tính chuyên ngành nên tồn tại một số thuật ngữ đặc trưng riêng biệt như văn hóa, văn minh, văn hiến, văn vật, văn hóa học v.v.. Trong khi đó, ngành Đông phương học do mang tính đa lĩnh vực nên khó xác định thuật ngữ đặc trưng. Nếu có, đó lá các thuật ngữ chung chung như phương Đông, phương Tây v.v..